Pada 22 Desember 1948, Syafruddin Prawiranegara kemudian membentuk PDRI (Pemerintah Darurat Republik Indonesia).
Berikutnya Syafruddin Prawiranegara melalui PDRI membagi wilayah Sumatera menjadi 5 pemerintahan militer namun hingga awal Mei 1949 kabinet PDRI tidak kunjung terbentuk, dengan demikian maka secara de facto dan de jure Sultan Hamengkubuwono IX tetap menjadi Menteri Pertahanan Republik Indonesia
Fakta sejarah bahwa Sultan Hamengkubuwono IX selain Raja Jogjakarta juga menjabat sebagai Menteri Pertahanan saat itu di kuatkan juga oleh kehadiran Sultan Hamengkubuwono IX dalam perundingan Roem Roeyen pada April 1949. Dalam perundingan itu dengan tegas Sultan Hamengkubuwono sebagai Sultan dan Menteri Pertahanan mengatakan secara tegas bahwa “Jogjakarta is de Republiek Indonesie”
Jadi kalau dalam Tweet nya Fadli Zon mengatakan bahwa Humas Jogja keliru : “Keliru @humas_jogja. Menteri Pertahanan ketika itu dirangkap Ketua Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI) sbg Kepala Pemerintahan, Sjafroeddin Prawiranegara. Kabinet Hatta sdh berakhir dengan penangkapan Soekarno-Hatta-Sjahrir-H Agus Salim. Dibentuklah Kabinet PDRI.”