Sewaktu Abu Bakar Ba’asyir akan ditangkap atas perintah Presiden AS George Bush untuk diekstradisi ke Guantanamo, sebagai Presiden dengan tegas Ibu Megawati menolak permintaan tersebut. Ia mengatakan jika tiba-tiba Ba’asyir menghilang maka akan memunculkan kecurigaan dari publik. Sehingga akan menyulitkan pemerintah Indonesia. Hal itu dikemukakan saat menerima agen CIA yang didampingi Duta Besar AS untuk Indonesia Ralph L Boyce, Ahli Indonesia di Dewan Keamanan Nasional (NSC) Karen Brooks, dan juga Fred Burks (Tempo, 30/12/2004).
Permintaan Bush yang ditolak Megawati itu juga diakui Ba’asyir saat membacakan eksepsi di PN Jakarta Selatan, pada 24 Februari 2011. Awalnya Ba’asyir mengutip pernyataan Duta Besar AS ketika berpidato di Universitas Islam Negeri. “Abu Bakar akan kami usahakan supaya tak bisa lagi mengurusi organisasinya,” ujar Ba’asyir ketika membacakan nota keberatannya. Ia lalu menceritakan upaya AS meminta Megawati mengizinkan ekstradisi Ba’asyir ke Guantanamo namun ditolak. “Tetapi Megawati menolak tegas sehingga makar pertama ini gagal,” kata Ba’asyir (Kompas, 8/1).
Dengan demikian, tuduhan bahwa Ibu Megawati dan PDI Perjuangan memusuhi Islam atau bahkan anti Islam tidaklah benar. Sebagai pemimpin partai yang merasakan pahit manis dan asam garamnya kehidupan perpolitikan di tanah air, Ibu Megawati telah tulus mendarmabaktikan hidupnya untuk bangsa dan negara.
