“Ketika Pak Harto menggantikan, keluarlah sebuah TAP MPR, yang katanya sumbernya dari Supersemar yang mengatakan bahwa Bung Karno diturunkan karena melakukan, ada indikasi itu istilahnya bekerja sama sama sebuah partai, PKI yang terlarang,” ucapnya.
Megawati merasa janggal Bung Karno dituding memiliki hubungan dengan kelompok yang dicap terlarang, sementara telah dinobatkan sebagai presiden seumur hidup.
“Coba pikir tenang-tenang, mikir. Saya itu sampai mikir gini, sampai saya bilang, kok bapak saya enggak iso mikir ya. Kalau benar, loh ngapain dianya musti, Bung Karno bekerja sama sama sesuatu yang katanya terlarang, karena itu ada perintah dari Supersemar. Padahal beliau ini sudah seumur hidup loh. Artinya, Lah ngapain loh, dia sudah enak-enak presiden seumur hidup loh,” kata Megawati.
Meski Supersemar memiliki beberapa versi, terdapat beberapa pokok pikiran yang diakui Orde Baru dan kemudian dijadikan acuan.
Supersemar berisi perintah, salah satunya mengambil segala tindakan yang dianggap perlu untuk terjaminnya keamanan dan ketenangan serta kestabilan jalannya pemerintahan dan jalannya revolusi.