Kariernya di Golkar tergolong moncer. Sejak 2013, Zainudin diberi mandat oleh Ketua Umum Golkar saat itu Aburizal Bakrie untuk memimpin Golkar Jawa Timur. Ia juga menjabat Ketua DPP Golkar periode 2014-2019.
Menjelang Munas Golkar 2014, Zainudin lebih memilih datang pada Munas Ancol ketimbang Bali. Di sana, Zainudin terpilih sebagai sebagai sekretaris jenderal untuk periode 2014-2015 bersama Agung Laksono sebagai ketua umum.
Sementara hasil Munas Bali menetapkan Aburizal Bakrie sebagai Ketua Umum Golkar dan Idrus Marham sebagai Sekjen DPP Golkar.
Berdasarkan rekam jejak karier politiknya, Zainudin terlihat tak pernah bersentuhan dengan olahraga. Namun ia pernah memberikan tanggapan soal pengelolaan kawasan Gelora Bung Karno.
Pada 23 Oktober 2018, Komisi II DPR-RI mengadakan Rapat Dengar Pendapat (RDP) dengan Kemensesneg, Dirut PPK-K dan PPK-GBK tentang pengelolaan kawasan Gelora Bung Karno dan Kemayoran. Rapat dipimpin dan dibuka oleh Zainudin Amali.
Sebagai pengantar rapat, Zainudin meminta penjelasan kelayakan Lapangan Tembak di Senayan yang sempat mengganggu kegiatan di DPR. Zainudin menyampaikan apresiasi kepada Kementerian Sekretariat Negara, Dirut PPK-K dan Dirut PPK-GBK yang telah mendukung pelaksanaan kegiatan-kegiatan regional dan nasional seperti saat Asian Games dan Asian Para Games 2018.
