Majelis Tahkim PKS pada 11 Maret 2016 memutuskan memecat Fahri dari seluruh jenjang jabatan di kepartaian.
Pada 1 April 2016, Presiden PKS Sohibul Iman menandatangani SK DPP terkait keputusan Majelis Tahkim tersebut.
Fahri tidak terima atas keputusan PKS. Pria kelahiran Sumbawa 1971 itu melawan lewat jalur hukum.
Fahri mengakui, sesuai dengan UU Nomor 17 Tahun 2014 tentang MPR, DPR, DPD, dan DPRD (MD3), pimpinan dan anggota DPR diberhentikan apabila dipecat dari partai yang mengusungnya.
Dalam gugatannya di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan, Fahri menuntut PKS membayar ganti rugi materiil Rp 1,6 juta dan imateriil senilai lebih dari Rp 500 miliar.
Mereka yang digugat adalah Presiden PKS Shohibul Iman, Ketua Dewan Syariah Surahman Hidayat, Wakil Ketua Dewan Syuro Hidayat Nur Wahid, Abdul Muis dan Abi Sumaid. Fahri juga menuntut PKS untuk mengembalikan nama baiknya.
Pengadilan Negeri Jakarta Selatan memenangkan sebagian gugatan Fahri.
Semua putusan dari DPP PKS dinyatakan tidak sah dan batal demi hukum. Jadi, Fahri masih sah sebagai kader PKS, anggota DPR dan Wakil Ketua DPR.
Majelis hakim juga memerintahkan tergugat agar membayar ganti rugi imateril sebesar Rp 30 miliar.