Politisi sipil, Akbar Tandjung, akhirnya muncul sebagai pemenang mengalahkan calon dari militer, Jenderal Edi Sudradjat. Pertentangan yang cukup tajam mengakibatkan keluarnya Edi Sudrajat dan beberapa tokoh Golkar. Mereka kemudian memutuskan membentuk partai baru. Begitu pun saat Munas 2004, Wakil Presiden Jusuf Kalla melawan Akbar Tandjung. JK-pun berhasil unggul dengan selisih suara meyakinkan.
Munas berikutnya tahun 2009 melahirkan Aburizal Bakrie sebagai ketua umum. Ical yang saat itu memegang jabtan Menteri Koordinator Kesejahteraan Rakyat Kabinet Indonesia Bersatu, bertarung keras dengan Surya Paloh. Paloh akhirnya memilih mundur dari Golkar dan mendirikan Nasional Demokrat. Saat Ical kembali maju dalam Munas 2014 di Bali, Agung Laksono hadir sebagai penantangnya.
Ical memang terpilih lagi, namun kubu Agung Laksono tidak mengakui dan membentuk Tim Penyelamat Partai Golkar (TPPG) untuk mengadakan munas tandingan. Perseteruan dua kubu ini berlanjut sampai ke pengadilan. Setelah lebih dari setahun berkonflik akhir dua kubu sepkat memilih Setya Novanto sebagai ketua. Kasus hukum menyebabkan Setnov harus diganti. Airlangga Hartanto terpilih jadi penggantinya.
