Kemudian di tahun yang sama, guna merebut kursi Ketua Umum PKB dari Gus Dur, Cak Imin membuat Musyawarah Luar Biasa (MLB) PKB tandingan sehari setelah Gus Dur mengadakan MLB.
Pada akhirnya sejak 2008, Gus Dur “terusir” dari PKB dan sejak saat itu Cak Imin-lah yang berkuasa.
Manuver politik Cak Imin terhadap Gus Dur ini membuat hubungan dirinya dengan para pengikut Gus Dur atau para Gusdurian menjadi buruk, bahkan hingga detik ini.
Di antaranya adalah putri-putri Gus Dur, Allisa Wahid dan Yenny Wahid yang hingga saat ini kuat menentang kekuasaan politik Cak Imin. Dalam banyak kesempatan, keduanya juga mengkritik perilaku politik PKB.
Allisa misalnya, pernah mengkritik PKB karena menyeret Nahdlatul Ulama (NU) – yang memang identik dengan PKB – ke dunia politik praktis. Hal serupa diutarakan Yenny yang sering mengingatkan NU agar tidak terlibat dalam politik praktis, apalagi minta jatah menteri.
Ya, di bawah kepemimpinannya, Cak Imin berhasil mengkonsolidasikan kekuatan NU demi kepentingan politik PKB. Bahkan baru dalam Pilpres 2019 untuk pertama kalinya NU secara terbuka mendukung PKB.
Startegi Cak Imin yang menyeret NU ke dalam politik praktis ini lagi-lagi bertentangan dengan pandangan Gus Dur yang tidak ingin mengaitkan agama dengan politik partai.